Die Szene wird im Film erstmal vorbereitet, jedenfalls wenn ich es richtig verstanden habe. Und zwar, als erstmals gezeigt wird, wie der neue Smith andere Programme/Avatare überschreiben kann. Gezeigt werden zwei Rebellen, die in der Matrix einen Gegenstand erhalten haben (einer sagt sinngemäß dazu: "alles was gerade zählt ist das hier") und nun wieder zurückgeholt werden wollen. Das Telefon klingelt, der erste Rebell - und mit ihm der Gegenstand, auch wenn das "logisch" nicht geht! - verschwindet aus der Matrix. Das Telefon klingelt erneut für den zweiten (poor Bane), Smith überschreibt ihn und wechselt in Banes Körper in die reale Welt.
Neo erhält kurz darauf diesen "wichtigen" Gegenstand (so deute ich es), aber von einem anderen Rebellen, Ballard (Szenenbeginn: Ballard klopft kraftvoll an Neos Tür). Neo schaut drauf und weiß sofort, wo er das Orakel suchen muss, das vorher ja nicht aufzufinden war. Ich habe nie erkennen können was das Mitbringsel sein soll, es wirkt wie ein klobiger technischer Gegenstand (hab aber auch Null Ahnung von Technik). Wie Neo diesen "liest" ist mir ebenfalls komplett unverständlich.