Grund meiner These ist dieses
Bild im letzten Trailer. Shaw spaziert auf ein Gebäude und um sie rum liegen große Leichen. Sie sehen größer aus als Shaw, also als Menschen. Es könnten Engineers sein. Shaw flog mit ihrem Schiff und David zur Heimatwelt der Engineers und es gefiel ihr nicht, was sie zu sagen hatten, daher hat sie sie alle mit den Biowaffen auf ihrem Schiff ermordet. Entweder erzählt sie ihre Tat in einer Rückblende oder dieses Kolonieschiff hat wirklich das Pecht des Jahrhunderts und landet ausgerechnet auf dem ehemaligen Planeten der Engineers, welcher nun voll ist mit Engineer/Xenomorph-Hybriden.
Sowas von ungeschickt.
Aber hat sie wirklich alle erwischt? Nachdem ihre Waffen gescheitert ist und sie bekanntlich ja nicht so angetan von ihren Leben-Experiment waren, könnten sie sich auf einen Planeten zurückgezogen haben. So viele bewohnbare Planeten wird es ja nicht geben, daher war die Anzahl ihrer Kolonien wohl oder Übel begrenzt. Zwar hat David in Prometheus die anderen Orte gesehen aber das waren nur sieben Systeme und das muss nicht unbedingt bedeuten, dass in jedem System viele habitable Planeten existieren. In unserem gibt es ja auch nur einen, obwohl drei in der habitablen Zone sind (Venus (zu warm), Erde (al dente), Mars (zu kalt)). Außerdem haben sie nicht mal alle kolonisiert. Von dieser Kolonie aus sind sie zu diesen sieben Systemen aufgebrochen. Das kann nun heißen, dass sie überall in der Milchstraße weitere solche Außenposten haben oder das es der einzige war oder sie alle aufgegeben haben. Sie haben diesen Außenposten ja auch recht stürmisch verlassen bzw. sind nie wiedergekommen. Darum war der letzte ja noch immer eingefroren.
Ich glaube Shaw hat den Heimatplaneten ausgelöscht oder zumindest den Planeten den sie für die Heimat der Engineers gehalten hat. Danach flog sie entweder weg und stürzte beim Versuch ab nach Hause zu kommen oder es ist der Planet den Shaw angegriffen hat.